Saison 1 (2011 / 2012)
Depuis la mort de la femme qu'il aimait, John Reese, ex-agent de la CIA, vit comme un clochard dans les rues de New York.
Il est approché par un milliardaire qui vit reclus de la société, Harold Finch, et qui a conçu une machine pour le gouvernement, chargé de prédire tout acte de terrorisme grâce à une surveillance constante de la population. Mais la machine voit tous les autres crimes prémédités impliquant des citoyens ordinaires, crimes dont le gouvernement se désintéresse.
Grâce à une "fenêtre" qu'il a créé dans le système, Finch est capable de récupérer une liste de numéros de sécurité sociale dont il se sert pour retrouver la victime ou l'auteur du crime. Il recrute Reese pour l'aider à retrouver ces personnes et les sauver ou les empêcher de commettre ce crime.
Mais présumés morts, ils doivent travailler dans l'ombre et sont traqués par les autorités.
Saison 2 (2012 / 2013)
Avec Finch aux mains de Root, Reese doit comprendre le fonctionnement de la machine pour pouvoir le sauver.
En parallèle, l'agent Donelly du FBI est plus que jamais destiné à arrêter "l'homme en costume" tandis que les autres ennemis de Finch et Reese se préparent également à frapper dans l'ombre.